食物中的有害物质会被加热放大
微波炉通过非-ion化辐射对水分子进行高速振动，从而加热食物，这种方式在某些情况下可能会导致食物中的有害物质被加热放大，尤其是那些易于释放到食品表面的污染物，如甲醛、苯和其他volatile organic compounds（VOCs）。这些化学品在高温下可能更容易挥发，从而进入我们的体内，增加了摄入有害化学品的风险。
微波能量不均匀分布
微波能量的传递并不是均匀的，它通常集中在食物表面，而不是内部。这种现象称为“边缘效应”，它意味着外层部分迅速加热，而内部部分则相对较慢。这可能导致一些部位烹饪得当，而其他部位仍然保持原来的温度甚至未经煮熟。长期暴露于不完全煮熟或烤制过的食品中，可能存在细菌感染和寄生虫感染的风险。
使用错误造成安全隐患
如果没有正确操作微波炉，比如选择错误的小时数或者不适当地将锅碗瓢盆放在里面，都会引起危险。例如，将塑料容器放在微波炉里容易释放出毒性强的大麻醇，有些塑料也可能因为高温融化产生致癌化学品。而且，如果在打开门的时候突然用力抽取食盒或餐盘，也很容易烧伤自己。
厨房环境污染
微波炉清洁的问题往往被人们忽视，但长时间未清洁的地方积累灰尘和油脂，一旦发生火灾，就极易蔓延到整个厨房甚至家庭。如果这些油渍堆积形成烟雾，那么即使是空气净化系统也难以彻底去除，这样的环境污染对于呼吸系统来说是个巨大的威胁。
频繁使用影响营养价值
虽然短时间内快速煮熟可以保留营养素，但是频繁使用微波炉烹调也有潜在问题。研究显示，不恰当的加热方法可以破坏维生素C和B群等水溶性维生素，同时还可能改变蛋白质结构，使得蛋白质变性，从而降低了营养价值。此外，由于人为因素，如超标设置或过度搅拌，可以进一步损失更多营养成分。在现代生活节奏快的情况下，我们应该更加注意饮食质量，以防止由于日常习惯带来的健康后果。
