MES系统与ERP系统，在仓储管理上面存在着管理等级上的差别，一般来说，ERP系统能够管理到仓库当中各种类型物料的总量，以及所有物料的进出情况，但是，ERP系统没能管理到物料在仓库当中如何具体存放，也没能对物料的进出规则进行有效的管理，比如：先进先出的管理，零散物料先出的管理等等。MES系统恰恰弥补了ERP系统在这方面的不足，从物料进厂检验开始，追踪其入库，出库，产线使用消耗，产线剩余返仓，产线发现质量问题返回供应商等等一系列的行为和操作，为物料建立完备的历史信息档案，并提供相应的查询和管理方法，满足用户在统计和物料追溯方面的各项需求。MES系统与ERP系统，在实际的运作当中，应该采用相互融合的方式进行信息的交流，从最根本上来保证仓储信息的正确与及时，提高工厂在物料上面的管理水平。
MES系统当中对所有的关键物料实施条码化的管理，并且根据实际的操作，实时进行汇总之后，传递给ERP系统，使双方都能够清楚当前仓库的物料库存情况，线上累积情况，线上消耗情况，等等信息。另外，MES管理系统根据一段时间内的生产排产计划，产生物料的需求清单，并对比物料的库存情况，将物料的短缺信息报告给ERP系统，促使ERP系统能够快速的做出反应，生产物料的请购清单，保证生产的顺利进行。
MES系统的集成性发展面临着诸多困难，但随着应用企业、产品厂商、行业组织的共同努力，MES的集成性发展正向着良性的方向发展MES新型体系结构的发展，不断推动着集成技术与功能的完善，以及标准的统一;MES系统的集成对象已经不仅仅是直接相关的ERP、车间设备自动化系统等信息系统，现在已经开始逐渐将应用企业的更多相关的信息系统集成进来，MES系统与其他软件连接，才能让用户得到最大限度的收益。
公司已经实施了ERP系统，且ERP系统覆盖了部分的生产相关的内容，便于生产成本的采集，通过MES管理系统的信息集成，自动生成了所有零件的生产指令卡，减少了信息的重复录入量，显著缩短了车间的生产准备时间，通过信息共享，提高了信息的透明度与利用率，提高了管理效率。
MES用户一般要把MES系统与ERP系统同时使用，这两个软件在数据上和功能上的连通将会给用户带来最大的效益。效率MES系统在整个企业生产过程中扮演承上启下的角色，介于ERP与车间底层自动化之间，是企业实现精益制造、柔性生产必不可少的信息化手段。
