在进行水质检测取样流程之前，首先需要明确目标和目的。不同类型的水体（如河流、湖泊、地下水）及其用途（供水、工业使用、农业灌溉等）对所需的检测项目有不同的要求。这直接影响了取样的时间点和地点选择。
选择合适的采样位置
采样位置是确定一个代表性的抽样的关键。通常建议从河道或湖泊中心部位进行采样，以减少边缘因素对结果的影响。此外，避开可能受到污染源影响的地方，如排污口附近或者最近的地面排放点。对于地下水，则应选择远离潜在污染源且地表上未发生任何人为活动或自然现象区域。
确定采样的时间
水质随时间变化，因此采集时机也非常重要。如果要测试某些特定的参数，如氨氮含量，那么最佳时间往往是在雨季结束后，因为此时河流中溶解氧含量较高，能更好地反映底层生态系统健康状况。而如果是为了监测日间流量变化造成的化学组成差异，那么则需要多次采样以覆盖全天24小时内各个阶段。
采用正确的设备
采集工具包括自带容器（塑料桶或密封容器）、滤网、高效过滤材料以及标记好的管道。在选购设备时应考虑其耐腐蚀性和清洁性，以及是否能够防止微生物活跃并保持稳定的温度条件。此外，必须确保所有装备都是无菌状态，这对于分析细小微生物含量至关重要。
实施标准化操作程序(SOP)
SOP是一系列详细说明如何执行特定任务的手册，它们用于确保实验室试验的一致性及可重复性。这些程序包括但不限于：如何收集数据；如何处理物品；以及如何保存和运输物品。在执行SOP过程中，每一步都应该严格遵守，以保证最终报告的准确性。
避免交叉污染
交叉污染指的是由于操作不当而使得一种被测试物品变成了另一种被测试物品，从而导致错误结果。一种常见的情况是将已知浓度较低的溶液倒入高浓度溶液中，而不是相反这样做。当处理不同类型试剂或标本时，要注意清洗手套，并且始终保持良好的实验室卫生习惯。
记录详尽信息
在整个取样过程中记录大量信息至便携式笔记本或电子设备上，这些信息包括但不限于日期、时间、地点坐标、天气状况以及其他可能影响检测结果的事项。此外，还应该记录下所有涉及到的具体步骤，如填充容器前后的压力读数等，以便在必要时可以追溯每一步操作情况。
