数据隐私与安全问题
在手机健康监测系统中，用户的个人数据如健康信息、生物识别信息等被频繁地上传至云端服务器，这就可能导致数据泄露和滥用。智能医学工程需要加强对这些敏感数据的保护措施，确保用户信息不被未经授权的人士访问。
系统误差与诊断准确性
尽管手机应用程序配备了先进的算法，但由于其依赖于有限的硬件资源和软件功能，它们在检测疾病或评估身体状况方面往往存在一定程度的误差。这些误差可能会导致患者得出错误结论，从而影响到他们的日常生活和医疗决策。
应急情况下的限制
当紧急情况发生时，人们通常需要立即获得专业医疗帮助。但是，由于手机无法提供全面的诊断结果或者直接进行治疗操作，因此在应急情况下它并不能完全替代专业医生的作用。这就要求我们更加重视传统医疗服务，并合理利用智能技术作为辅助手段。
用户使用习惯与教育问题
虽然现代人对科技产品非常熟悉，但对于如何正确使用某些健康监测功能还存在一定程度上的认识不足。因此，设计者应该提供更为友好的用户界面，同时通过有效的手段提高用户对设备运作原理以及如何解读结果的理解能力。
技术更新换代速度快的问题
随着科技发展，不断有新的硬件和软件出现，这意味着旧有的应用程序可能迅速变得过时。而且，因为新技术通常伴随着成本上升，所以很多老旧设备很难跟上这样的更新节奏，这也给智能医学工程带来了一个挑战，即如何平衡技术进步与经济可行性。
医疗知识库整合困难
当前许多移动应用都是独立运行，没有形成一个完整、共享的大规模医疗知识库。在处理复杂疾病的情况下，单一应用所能提供的地图是不够全面的。此外，由于不同医院之间数据库不互通，对同一病人的多次治疗记录整合起来分析也是一个挑战性的任务。
